Реконструкції печер
Починаючи з 40-х рр. XVII ст. і протягом XVIII ст. монастир постійно провадив роботи з реконструкції печер і пристосування їх до відвідань великої кількості людей. Звивисті підземні ходи були розширені. Стіни, склепіння та подіуми аркосолій укріплені кам'яною кладкою. Стіни не тільки тинькували і обмащували, а й прикрашали живописом.
У Ближніх печерах з метою упорядкування входу і виходу був зроблений ще один вхід із галереї. Частину мощей в цей час вже поклали з ніш - локул до рак, які встановили в аркосоліях, спеціально видовбаних у стінах печер.
До кінця XVII ст. в Ближніх печерах знаходилося дві церкви – Введення Богородиці до Храму, яка вважається найдавнішою, і церква прп.Антонія Печерського. У Дальніх печерах найдавніші церкви Благовіщення й Різдва Христового. У першій половині XVII ст. там будують третю церкву – прп.Феодосія, а в Ближніх печерах у 1691 році ще одну – прп.Варлаама Печерського.
У XIX ст., за рішенням Духовного собору Лаври, місця для гробниць розташували на одному рівні. Виготовили нові кипарисові, дубові і липові гробниці. Над кожною встановили нові ікони святих, написані на мідних дошках (1844 р.). Пишно оздобили вбрання преподобних – шовкові, парчеві, оксамитові покривала розшиті золотими і срібними нитками, прикрашені перлами та бісером. Підлогу в печерах було вимощено чавунними плитами: на Ближніх печерах – виготовленими на тульських заводах 1830 р., на Дальніх – у Брянську 1826 р. Відтоді інтер'єр лаврських печер майже не змінився.